Il Museo delle Cere Anatomiche trae le sue origini dalla più importante istituzione scientifica della Bologna settecentesca: l'Istituto delle Scienze. Secondo le direttive del fondatore, Luigi Ferdinando Marsili, l'Istituto era organizzato come una sorta di laboratorio complementare al Pubblico Studio ove le indagini e l'insegnamento dell’anatomia erano improntate sull'esperimento e sull'osservazione diretta. Se nello «strepitoso e frettoloso» corso di anatomia che aveva luogo ogni anno sotto carnevale al Teatro Anatomico dell'Archiginnasio il lettore ufficiale si limitava a declamare qualche brano tratto dai manuali muovendone astratte obiezioni, all'Istituto si svolgevano vere e proprie esercitazioni pratiche su cadaveri, approfondite poi dallo studio di preparati anatomici appositamente sezionati ed essiccati. I preparati a secco elaborati da Antonio Maria Valsalva (1666-1723), celebre anatomico autore del trattato De Aure Humana, costituirono il primo nucleo di oggetti del Museo, cui presto si aggiunsero due opere in cera, commissionate per la necessità di sopperire all'immancabile deperimento delle preparazioni organiche. Infatti nel 1731 l'Accademico clementino Ercole Lelli (1702-1766), appassionato studioso di anatomia, plasmò in cera lo stato naturale dei reni umani e la rara malformazione congenita detta «a ferro di cavallo». Le tavole risultarono così ben fatte che destarono l'ammirazione di molti, tra cui quella del cardinale Prospero Lambertini. Questi, divenuto papa Benedetto XIV, commissionò nel 1742 allo stesso Lelli la rappresentazione in cera della completa osteologia e miologia umana. Il progetto prevedeva la realizzazione di due statue rappresentanti il nudo maschile (Adamo) e femminile (Eva), di quattro statue miologiche che, a partire dallo Scorticato, mostrassero via via gli strati muscolari più profondi, ed infine di due scheletri. Completavano l'opera una cinquantina di tavole che mostravano particolari miologici ed osteologici. Nel 1766, dopo la morte del Lelli, per la prima volta presso la Camera Anatomica dell'Istituto fu nominato un Professore, il dottor Luigi Galvani, deputato a tenervi delle vere e proprie lezioni di anatomia, servendosi dei preparati in cera. Da quel momento le vicende del Museo e gli alterni progressi della ceroplastica bolognese dipesero strettamente dalla collaborazione tra il professore-committente ed il modellatore-anatomico. I ceroplasti che seguirono, i coniugi Giovanni Manzolini (1700-1755) e Anna Morandi (1714-1774), lavorarono a stretto contatto con il prof. Galvani, elaborando preparati su commissione anche di altri medici. Anna Morandi continuò, dopo la morte del marito, l'attività intrapresa dedicandosi soprattutto allo studio e alla rappresentazione del funzionamento dell'apparato urogenitale, del sistema respiratorio, di quello circolatorio, di quello locomotore e dei cinque sensi. A dimostrazione di questo assiduo impegno sono tuttora conservati al Museo numerosi preparati. Nel 1789 la raccolta bolognese venne incrementata da alcune opere del ceroplasta fiorentino Clemente Susini (1754-1814), tra cui la famosa Venerina, che segnarono una svolta per il Museo Anatomico. Le due grandi scuole di ceroplastica vennero così a stretto contatto e dal loro confronto scaturì un impulso nuovo e vitale. Il prof. Francesco Mondini, in carica definitiva dal 1824, diresse il modellatore Giuseppe Astorri (1785-1852), dando principio ad un proficuo e duraturo sodalizio. Tra le opere dell'Astorri oggi rimaste al Museo, dedicate alle articolazioni, ai legamenti e allo studio dell'apparato genitale, si distingue, per la sua complessità, una preparazione rappresentante il Sistema cardiocircolatorio e il sistema nervoso periferico. In quegli anni la ricerca conseguì dei risultati molto apprezzabili, lasciando nei manufatti in cera la testimonianza dell'impegno scientifico portato avanti dal Gabinetto bolognese che nel 1843 raggiunse la ragguardevole consistenza di oltre 1200 pezzi. Dal 1850 fino alla fine del secolo la direzione del Museo Anatomico fu assunta dal prof. Luigi Calori che si avvalse della valente collaborazione del modellatore Cesare Bettini (1801-1885); questi si dimostrò un vero e proprio tecnico a servizio dell'officina anatomica. Dalla fine dell'Ottocento la produzione ceroplastica andò esaurendosi. Nel 1907 il Museo venne trasferito nel Nuovo Istituto di Anatomia, dove sono attualmente fruibili i 260 pezzi salvati dal bombardamento del 1943.